Der bei München geborene und auf dem elterlichen Bauernhof aufgewachsene Ertl absolvierte nach Abitur und Wehrdienst zunächst eine landwirtschaftliche Lehre sowie anschließend ein Landwirtschaftsstudium. Nach dem Studium machte der passionierte Skiläufer und Bergwanderer Karriere in der Landwirtschaftsverwaltung, die ihm 1960 den Rang eines Oberlandwirtschaftsrates einbrachte.

Als FDP-Mitglied sammelte er von 1952 bis 1956 als Kreisrat von München-Land erste politische Erfahrungen und wurde 1961 erstmals in den Deutschen Bundestag gewählt, dem er bis 1987 angehörte. Als stellvertretender Landesvorsitzender in Bayern und Fraktionsvorstandsmitglied in Bonn zählte Ertl zum rechten Parteiflügel, der auch den sozial-liberalen Kurs Scheels ab 1968/69 schärfstens kritisierte. Trotzdem übernahm er 1969 das Landwirtschaftsministerium, das durch Strukturänderungen in der Landwirtschaft sowie die EG-Preispolitik im Agrarbereich schweren Zeiten entgegen sah.

Durch fachliche Kompetenz erhielten Ertl und sein Ressort vermehrt politisches Gewicht, nicht zuletzt auch durch Erfolge auf europäischer Ebene wie der Abschaffung des Grenzausgleichs im Agrarhandel. Darüber hinaus war Ertl von 1971 bis 1983 bayerischer FDP-Landesvorsitzender. 1982 kündigte Ertl seinen Rückzug aus der Politik an, um für das Amt des Präsidenten der Deutschen Landwirtschaftsgesellschaft (DLG) zu kandidieren, an deren Spitze er von 1984 bis 1990 stand. In dieser Position sprach er sich immer wieder für eine gemeinsame Währungspolitik als Voraussetzung für eine gemeinsame EG-Agrarpolitik aus.

Nach der Bundestagswahl 1983 gab Ertl sein Ministeramt auf. Ertl war von 1978 bis 1991 auch Präsident des Deutschen Skiverbandes. Im November 2000 starb er an den Folgen eines tragischen Unfalls.